В этот раз отряду молодых мутантов предстоит сразится с новым, более сильным противником, который именует себя Апокалипсисом. Это первый мутант, обладающий колоссальной силой и которому поклонялись в древнем Египте. Проснувшись после тысячелетнего сна, бессмертный Апокалипсис разочаровывается в новом мире и решает его изменить. В качестве помощников он избирает четырёх мутантов, задача которых превратить наш мир в руины. Однако Чарльз Ксавье не может допустить, чтобы подобное случилось, даже не смотря на отношение обычных людей к таким, как он.
Совсем маленькая девочка Джин Грей осталась без родителей. Единственный, кто её приютил – это Чарльз Ксавьер, у которого есть специальная школа для одарённых детей. Он всегда знал, что Джин – исключительная девочка, чуть ли не самый сильный мутант на нашей планете. Во время одной спасательной операции на орбите Земли, Джин почти погибла из-за непонятной космической силы, но она смогла выжить. Когда же команда мутантов вернулась домой, то увидела, как силы Джин начали расти. И чем дальше – тем сложнее ей было их контролировать. Дойдёт даже до того, что девушка будет причинять вред тем,
Меган – шестнадцать. У нее никогда не было родителей, парня или настоящей подруги. Зато она в совершенстве владеет приемами каратэ, без промаха стреляет из разных видов оружия и может за полминуты обезвредить мускулистого вооруженного мужчину. Меган – ученица элитной школы для специальных агентов. Казалось бы – воплощение мечты. Вот только Меган мечтает о том, чтобы хотя бы на несколько дней оказаться в самой обычной школе...