Для перезагрузки матрицы нужно всего-на-всего 72 часа. Ровно трое суток, по мнению повстанцев, надо для могущественной матрицы, чтобы добраться до Зеон, пусть он и находится глубоко-глубоко под землей – недалеко от жидкого ядра нашей планеты. Нео, Тринити и Морфеус всё так же будут руководить восстанием людей против ужасной Армии Машин. Чтобы уничтожить систему репрессий и эксплуатации, они должны использовать не только арсенал отличного оружия, но и свои воистину уникальные способности. Миссия по спасению человеческой расы от ее полного уничтожения приносит им более глубокое понимание
Борьба между машинами и людьми подходит к своей кульминации. Армия механических созданий уже стоит у порога Зиона, чтобы наконец-то захватить там власть и уничтожить правление людей. Жители Зиона готовы держать оборону своего родного дома до самого последнего вздоха, вместе с их жизнями смерть должна забрать ещё несколько машин. И только один человек может окончить эту войну – имя ему, конечно же, Нео. Именно в его руках победа или поражение людей. Его способности – это единственный шанс против более сильного противника, нужно только правильно ими воспользоваться. Но ни машины, не люди