10-летняя Ая воспитывается в детском приюте святого Морвальда, и она считает себя счастливым ребенком. Стоит ей только захотеть, и все ее желания немедленно осуществляются. Но беззаботной жизни приходит конец, когда девочку решает удочерить странная особа - Белла Яга. Аю привозят в загадочный дом, полный заклинаний и колдовских атрибутов, и она понимает, что попала в руки настоящей ведьмы. С помощью своего нового приятеля, болтливого кота Томаса, Ая пытается противостоять коварным выходкам злой колдуньи, и заодно начинает сама осваивать магическое искусство.
Действие разворачивается в 1963 году близ Иокогамы. У героини – Уми Мацудзаки – отец, командир корабля, погибает во время Корейской войны 10 лет назад, когда она была еще маленькой девочкой. В то время как её мать находится в отъезде, девочке приходится принять хозяйство на себя, в частности, не забывать каждое утро поднимать флажки – такое правило поставил отец, чтобы видеть с моря, что его ожидают дома. В городке имеется школьный клуб, с разнообразными секциями по интересам. Проблема этого клуба в том, что его хотят закрыть, тем более, что здание, в котором он базируется, уже обветшало.