Погрязший в преступности Нью-Йорк нуждается в героях, так как уже ни политики, ни полиция не служат на благо народа. Практически все важные городские структуры находятся под железным кулаком некого Шредера. Злодей является руководителем группировки под названием Клан Ноги, которых никто не может остановить. Неожиданно жители Большого Яблока находят спасение в лице четверых братьев, вид которых многим может показаться жутковатым и неприятным. Правда, мало кто знает кто они и откуда взялись, учитывая что герои скрываются в лабиринте канализаций. Вместе с репортёром Эйприл О'Нил черепашки-
Черепашки-ниндзя снова в деле! От продюсеров "Трансформеров", "Человека-паука" и "300 спартанцев" - продолжение истории самой популярной четверки, сражающейся со злом на улицах города. Пока Шреддер готовит свое возвращение с помощью безумного ученого Бакстера Стокмана, героям приходится не только столкнуться с новыми мутантами Бибопом и Рокстэди, но и спасти мир от инопланетного захватчика Крэнга. Плечом к плечу с ними будут бороться Эйприл О'Нил, Верн Фенвик, Кейси Джонс и Мастер Сплинтер. В этот раз Микеланджело, Донателло, Леонарду и Рафаэлю попались серьезные противники.