Юный музыкант Кубо наслаждался безмятежной жизнью на берегу океана. В их небольшом селении никогда не случалось ничего необычного, и никто не ждал перемен. Но они наступили, когда в жизнь юноши и его матери ворвался мятежный дух, жаждущий отмщения. Заново узнавая историю своего происхождения, Кубо открывает в себе новые, ранее неизведанные способности и понимает, что он, в сущности, очень похож на отца, которого никогда не видел – легендарного воина, прославленного самурая, павшего в битве со злом.
Погрязший в преступности Нью-Йорк нуждается в героях, так как уже ни политики, ни полиция не служат на благо народа. Практически все важные городские структуры находятся под железным кулаком некого Шредера. Злодей является руководителем группировки под названием Клан Ноги, которых никто не может остановить. Неожиданно жители Большого Яблока находят спасение в лице четверых братьев, вид которых многим может показаться жутковатым и неприятным. Правда, мало кто знает кто они и откуда взялись, учитывая что герои скрываются в лабиринте канализаций. Вместе с репортёром Эйприл О'Нил черепашки-